O chrámu sv. Bartoloměje se v posledních letech psalo především v souvislosti s kompletní přestavbou (a zpřístupněním) parkánů, co do mohutnosti investovaných prostředků a rozsahu prací se ale parkánům vyrovnala souběžně probíhající rekonstrukce samotného chrámu.

V chrámu se v tomto století poprvé pracovalo v letech 2004–2015 za působení faráře Libora Bulína. Čtyři a půl roku byl chrám pro veřejnost nepřístupný, mši při znovuotevření celebroval 2. prosince 2012 pražský arcibiskup, kardinál Dominik Duka.

Na do té doby proinvestovaných 80 miliónů korun od roku 2020 navázala finální část rekonstrukce, umožněná úspěšným získáním šedesátimiliónové dotace na projekt s názvem ´Svatý Bartoloměj – kolínský gotický skvost´. Rekonstruovány byly chrámové varhany, restaurovány byly fragmenty nástěnných maleb, opraveno bylo schodiště na ochoz, jižní stěna kostela dostala nové omítky, vznikly pochozí lávky na půdě, chrám získal nové osvětlení a ozvučení, kamery a požární čidla. Opravou prošla i podzemní krypta pod presbytářem a restaurován byl i mobiliář, tedy oltáře, sochy a obrazy.

Do chrámu přibyl též nový ambon (vyvýšené řečnické místo) a oltář podle návrhu sochaře Václava Ciglera. Pískovcový krychlový oltář vyrobený z jediného kusu kamene váží 5,6 tuny a díky několikacentimetrovému soklu působí dojmem, že se vznáší. Do otvoru zakončeného optickým sklem budou uloženy ostatky čtyř svatých - Vojtěcha, Prokopa, Bartoloměje a Zdislavy.

Ke konsekraci (posvěcení) nového oltáře a ambonu dojde v neděli 17. prosince v 10 hodin během slavnostní mše svaté, kterou bude celebrovat pražský arcibiskup Mons. Jan Graubner.